Complessivamente nel corso del 2010 sono stati effettuati circa 1500 controlli sulle acque di scarico.
Allo scopo di migliorare la capacità di intervento dell'Agenzia e di operare in sinergia con organismi competenti in materia, sono stati avviati accordi di collaborazione per la condivisione delle informazioni; in particolare è stata stipulata una convenzione con la Guardia di Finanza per l'esecuzione di controlli congiunti, con l'eventuale utilizzo anche dei loro mezzi nautici e aerei per l'individuazione di possibili scarichi abusivi. Nel corso del 2003 è stata inoltre avviata l'attività di telemonitoraggio.