A seguito della Deliberazione di Giunta Regionale n.355, pubblicata nel luglio 2003, che individua le 73 sorgenti che costituiscono il reticolo di monitoraggio delle acque sotterranee, viene valutata la qualità ambientale delle acque sotterranee, controllate stagionalmente per verificarne il grado d'inquinamento chimico.
Con il monitoraggio mensile di nutrienti e parametri microbiologici nelle acque di circa 60 pozzi e con la gestione di una rete per il telerilevamento delle concentrazioni di nutrienti nelle acque sotterranee, l'Agenzia ha supportato e supporta operativamente la Regione Lazio nelle attività di individuazione delle aree vulnerabili da nitrati di origine agricola (in recepimento della Direttiva 91/676/CEE).