Le acque di balneazione vengono controllate in base a quanto previsto dal D.Lgs. 116 del 2008, in recepimento della direttiva 76/160/CEE.
In applicazione all'art. 4 di tale decreto, sulla base dei dati rilevati nel 2003, la Regione Lazio per l'anno 2004 ha individuato 411 zone litoranee (delle quali 135 lacustri) di interesse balneabile. Di queste, 395 sono considerate idonee alla balneazione e sottoposte al programma di monitoraggio, mentre per le rimanenti la balneazione è interdetta con appositi provvedimenti. Lungo le coste esistono inoltre zone in cui la balneazione è interdetta in modo permanente (ZPI: zone permanentemente interdette per inquinamento; ZPA: zone permanentemente interdette per la presenza di porti, aeroporti, servitù militari, parchi marini ecc) e sono quindi escluse dal programma di controllo. Nella seguente tabella vengono riportati i chilometri di costa con divieto permanente per provincia (2003). (Fonte: Regione Lazio)
| Provincia | Km costa marina | Km costa con divieto inquinamento (ZPI) | Km costa con divieto per motivi diversi(ZPA) |
| Viterbo | 35,9 | 2,2 | 8,2 |
| Roma | 141,5 | 20,2 | 29 |
| Latina | 184,1 | 4,6 | 10,2 |
| Lazio | 361,5 | 27,0 | 47,4 |
Per ognuna delle 395 zone idonee, la Regione Lazio ha individuato il punto di campionamento, rappresentativo dell'intera zona. A partire dal 1° aprile e fino al 30 settembre su ogni punto vengono effettuati controlli ogni 15 giorni (controlli routinari) per un totale di 12 campionamenti ogni anno. I rilievi devono essere effettuati in prossimità della costa, nella fascia in cui la profondità è compresa tra 80 e 120 centimetri (cioè nella zona tipica in cui è presente la maggior concentrazione di bagnanti) e in un orario compreso tra le 9.00 e le 15.00. Gli 11 parametri che vengono controllati sono fisici (colorazione e trasparenza), chimici (pH, ossigeno disciolto, oli minerali, sostanze tensioattive e fenoli) e microbiologici (coliformi totali, coliformi fecali, streptococchi fecali e salmonelle).
Qualora in una stazione in cui è aperta la balneazione un campione dia esito sfavorevole (anche per uno solo dei parametri previsti), nei giorni successivi vengono effettuati 5 campionamenti "suppletivi", per la verifica dell'inquinamento e dell'ampiezza della zona inquinata. Se l'esito sfavorevole viene confermato, Arpalazio da comunicazione al sindaco dell'area interessata e propone la chiusura temporanea dell'area. Se i successivi 2 campionamenti routinari danno esito favorevole, viene proposta la riapertura dell'area.
Quando in una stazione di campionamento il solo parametro che risulta sfavorevole è l'ossigeno disciolto, la Regione può richiedere per questa area l'apertura della balneazione in "deroga all'ossigeno disciolto". Qualora la deroga venga concessa, nell'area è obbligatorio avviare un programma di sorveglianza algale per verificare l'assenza di alghe potenzialmente tossiche per la salute umana.